至正二十年（公元1360年），朱元璋同陈友谅会战于南京。当时，陈友谅的势力比朱元璋强大得多，很多人都认为很难取胜，城中人心惶惶，竟有人挖地窑埋藏金银。马氏却把自己的金帛拿出来鼓励将士，激励士气，结果，朱元璋大胜，消灭了陈友谅建立的“大汉”政权。至正二十七年（公元1367年），朱元璋又攻克了苏州，俘虏了张士诚，于是，在扫平群雄之后，朱元璋于明洪武元年（公元1368年）做了大明的开国皇帝，册封马氏为皇后。
马皇后跟随朱元璋南征北战，历尽艰险，不仅常常参与军事，在空闲时间，还带领妇女赶制军衣，可谓竭心尽智，劳苦功高，应算得上“开国皇后”。作为一个女人，这的确是难能可贵的，但最为难得的，是她在建国以后的表现。在她被立为皇后以后，朱元璋曾深情地对她说：“朕起自布衣，登得帝位，外靠功臣，内恃贤后，为朕司书，为朕随军，为朕亲缉甲士衣鞋，种种劳苦，不胜枚举。古称家有良妇，犹国有良相，今得贤惠如后，朕益信古语不虚。”马氏却说：“妾闻夫妇相保易，君臣相保难，陛下不忘妾同贫贱，愿无忘君臣同艰难。”马皇后的话，可谓语重心长而又适得其时。