至正二十年(公元1360年),朱元璋同陈友谅会战于南京。当时,陈友谅的势力比朱元璋强大得多,很多人都认为很难取胜,城中人心惶惶,竟有人挖地窑埋藏金银。马氏却把自己的金帛拿出来鼓励将士,激励士气,结果,朱元璋大胜,消灭了陈友谅建立的“大汉”政权。至正二十七年(公元1367年),朱元璋又攻克了苏州,俘虏了张士诚,于是,在扫平群雄之后,朱元璋于明洪武元年(公元1368年)做了大明的开国皇帝,册封马氏为皇后。
马皇后跟随朱元璋南征北战,历尽艰险,不仅常常参与军事,在空闲时间,还带领妇女赶制军衣,可谓竭心尽智,劳苦功高,应算得上“开国皇后”。作为一个女人,这的确是难能可贵的,但最为难得的,是她在建国以后的表现。在她被立为皇后以后,朱元璋曾深情地对她说:“朕起自布衣,登得帝位,外靠功臣,内恃贤后,为朕司书,为朕随军,为朕亲缉甲士衣鞋,种种劳苦,不胜枚举。古称家有良妇,犹国有良相,今得贤惠如后,朕益信古语不虚。”马氏却说:“妾闻夫妇相保易,君臣相保难,陛下不忘妾同贫贱,愿无忘君臣同艰难。”马皇后的话,可谓语重心长而又适得其时。