然而同时东南还有所谓艇盗。艇盗亦是起于乾隆末年的。当新阮得国之后，因财政困难，乃招徕沿海亡命，给以器械，命其入海劫掠商船。广东沿海，就颇受其害。后来土盗亦和他勾通。一发深入闽浙。土盗倚夷艇为声势，夷艇借土盗为耳目。夷艇既高大多炮，土盗又消息灵通。政府以教匪为急，又无暇顾及沿海。于是其患益深。一八〇二年，安南旧阮复国。[3]禁绝海盗，夷艇失势，都并于闽盗蔡牵。后为浙江水师提督李长庚打败。又与粤盗朱濆（fén）相合。清朝用长庚总统闽浙水师，而前后督臣，都和他不和，遇事掣肘。一八〇七年，长庚战死南澳洋面，朝廷继任其部将邱良功、王得禄。至一八一〇年，才算把艇盗打平。
川、楚教匪定后，不满十年，北方又有天理教匪之乱。天理教，本名八卦教——后来的义和团，也是出于八卦教的。此时的天理教，是反清的，而后来的义和团，至于以扶清灭洋为口实，民族意识的易于消亡，真可以使人警惕了。当时天理教的首领，是大兴林清和滑县李文成。他们吸收徒众的力量极大。教徒布满于直隶、河南、山东、山西。便是清朝的内监，也有愿意做内应的。他们谋以一八一三年起事。乘清仁宗秋狝（xiǎn）木兰时，袭据京城。未及期而事泄。李文成被捕下狱。林清仍进行其预定计划。以内监为乡导，和内应，攻击京城。攻入东西华门的有百余人。文成亦被教徒劫出，攻占县城，杀掉知县。长垣、东明、曹县、定陶、金乡，都起而响应。虽然其事终于无成，亦足使清朝大吃一惊了。