除了所指与能指的漂移造成了寓意指向的扑朔迷离，《故事新编》寓言化倾向表现的另一个突出特征就是要么在作品中表现出对历史文本的有意偏离，要么在小说的结尾表现出大转折和分裂。历史主人公以前形象的主动位置被随意摆弄，形象的精神和行为的光彩突然变得空空洞洞，这就是“新编”文本与历史的“故事”文本的不同之处。如《补天》写女娲炼石补天和抟黄土造人的故事，表现了鲁迅对中国精神源头的理解与文明创造者的想象。鲁迅说，在开始创作时，“是很认真的，虽然也不过取了茀罗特说，来解释创造——人和文学的——的缘起”。[19]然而，小说写到中途，看见报上同样是青年的大学生攻击青年诗人汪静之《蕙的风》“堕落轻薄”，“有不道德的嫌疑”，鲁迅“心里很不以为然，于是小说里就有一个小人物跑到女娲的两腿之间来，不但不必有，且将结构的宏大毁坏了”。[20]作品最后还添加上秦始皇妄求不死、汉武帝寻仙山的故事，就更进一步揭示了女娲的创世精神在后来被消解、被异化。《理水》中，夏禹本是被鲁迅称为“脊梁”的实干家，他为民除水害三过家门而不入，虽然在周围人的歧视与嘲笑中完成了治水的大业，但是当治水取得成功时，昔日的治水英雄终于在一片叫好声中被同化，不但做起祭祀和法事要阔绰，就是衣服上朝和拜客时也要穿着漂亮了。而《非攻》中的墨子以侠义与智慧阻止了一场楚国对宋国的掠夺战争，他虽然出生入死地为宋国奔波劳顿，但是当他一回到宋国，不仅让募捐救国队给捐去了包袱，还被执戈的士兵随意驱赶，遭遇十分窘迫。连质朴能干的大禹都不能抵挡社会大染缸的魔力和大智大勇的墨子都受到尴尬的待遇，这就不得不让人震惊。可以说，几乎《故事新编》里的每一篇小说的结尾都出现了转折和分裂，以前形象被消解，荒唐与分裂层出不穷。而且，不光重述文本与古文本不同，就是在同一篇小说中，小说的结尾往往都是对整个故事的颠覆和消解。如在《铸剑》里，鲁迅虽然展示了黑衣人刚毅的复仇精神，但是与仇人共亡所留给世人的意义是仇家们毛发骨头的混合，是王后、妃子无法分辨的窘境，是百姓和臣民的尴尬相，而这正是对复仇精神强烈的嘲弄和消解。