在这起谋杀案过了两年后，案件有了新的发现：法医从琼贝妮特的内裤上提取的DNA样品，在绘制成DNA图谱后发现，这个DNA属于一个未知的男性，它并不是琼贝妮特父亲约翰的。因此，他们将这份DNA数据报告提交给美国联邦调查局的DNA数据检索中心，因为该中心档案库中有诸多不法之徒的DNA数据。
随后，FBI也介入了调查，他们对琼贝妮特遇害时所住的社区进行了深入的调查。经过调查发现，在琼贝妮特遇害的那年，这个社区竟然发生了100多起入室盗窃案。另外，在拉姆齐家附近，还有38个有犯罪前科的性侵犯者。这让FBI不免感到震惊，在如此多的嫌疑人中，当地警方为何将嫌疑人认定为拉姆齐夫妇呢？接下来，FBI对这些嫌疑人进行了一一盘查。
正在FBI深入调查这起案件时，在2006年8月16日，一个名叫约翰·卡尔的小学教师引起了FBI的注意。他曾在泰国曼谷因为多起猥亵幼女罪而被捕，在他被捕后，警方在搜查其住所时发现很多写给“美国小小姐”琼贝妮特的信件。信件中用大量的篇幅描写他对琼贝妮特的爱意，而且他还非常关注案件的进展情况。
因此，FBI对约翰·卡尔进行了审讯。不过，还没等FBI对他严加审讯，他就向FBI供认了自己的罪行，他声称琼贝妮特的死完全是一个意外，他并不是有意伤害她的，他非常爱她。约翰·卡尔面对媒体的采访时，他声称对琼贝妮特的死感到非常抱歉，但他并不愿提及具体的细节，因为对他来说一切都是那么痛苦。