高宗采纳他的话，派右威卫将军刘仁愿将兵渡海以替代旧镇之兵，并敕令刘仁轨一起回来。刘仁轨对刘仁愿说：“国家悬军海外，是想要经略高丽，这事很不容易。如今秋收还未完成，而军吏与士卒全部替换而去，军将又归；夷人新服，众心未安，必将生变。不如暂且留下旧兵，慢慢让他们收割庄稼，办具资粮，分梯次遣还；军将暂且留下镇抚，不能回去。”刘仁愿说：“我之前回到海西，大遭谗言诽谤，说我多留兵众，密谋盘踞海东，几乎不能免祸。今天我只知道执行皇帝敕令，岂敢自作主张！”刘仁轨说：“为人臣者，只要能有利于国家，知无不为，怎能只顾自己安危！”于是上表陈说利害，自请留下镇守海东。高宗听从。仍以扶余隆为熊津都尉，命他招辑百济余众。
【华杉讲透】
被冤枉是你人生选择的一部分
《孙子兵法》说：“将在外，君命有所不受。”又说，“故进不求名，退不避罪，唯人是保，而利合于主，国之宝也。”进不求战胜之名，退不避违命之罪，一切只为保护军队和民众，真正有利于主君，这才是国家之宝啊！刘仁轨，就是这样的国宝。
刘仁愿呢，之前举荐刘仁轨，他已经是国宝品质。但是，你再好，也有人要整你，他就被人诋毁诽谤，说他密谋割据百济。这种诋毁，属于“必然的冤枉”，你率领大军，孤悬海外，人人都怀疑你要独立，朝廷也要防备你叛变，就像乐毅当年在齐国遇到的情况，这是必然的形势，博弈论的困境。乐毅选择弃军逃亡，投奔赵国自保。后世秦朝的王翦，带走六十万大军南下伐楚，他三天两头派人回去找秦王要田要地要赏赐，就是显示自己胸无大志，消除秦王的疑虑。