当然了，除了同卵多胞胎或是克隆之外，人类所拥有的全部基因信息（见此处的人类基因组内容），也就是31亿个核碱基序列，偶然完全一致的概率低到令人难以置信。
但在眼下，想要分析每个人的人类基因组，在时间和费用上都有很大的难度（现行的主流DNA测序器需要花费10天，费用在7000元左右）。DNA鉴定都是通过几种方法，来研究DNA的核酸序列种类。
人类DNA的核酸序列中的绝大多数都和我们的生命活动没有直接关系。在这些与生命活动无关的核酸序列中，积累着许多突变（绝大多数突变也与维持生命无关）。
突变都是偶然发生的，存在非常大的个体差异。DNA鉴定利用的正是这一点。而突变也会被遗传，因此亲子间的突变会很相似。这也是能够通过DNA进行亲子鉴定的原因。
早期的DNA鉴定，是通过某种限制性核酸内切酶（参见此处）来剪切基因，并比较其模式来进行的。用同样的限制性核酸内切酶来剪切同一个DNA，就能够得到相同的结果（模式）。
DNA和身体每个细胞一样，从同一个人身上获得的样本，无论是分析血液、黏膜、皮肤，还是毛根，结果在理论上都是一致的。这种方法把结果的模式和指纹相比较，被称作DNA指纹法。